כנס מחקרי חברון ויהודה הוא כנס מחקרי רב תחומי, המארח מרצים מדיסציפלינות מגוונות בנושא חברון ועברה.
הכנס מתקיים בדרך כלל ביום איסרו חג שבועות מדי שנה בקרית ארבע-חברון וכולל סדרת הרצאות מגוונות וסיור נילווה בחברון או בסביבתה.
הרצאות הכנס מצולמות ועומדות לרשות המתעניינים באתר היוטיוב של המדרשה.
מדי שנה מעובדות ההרצאות למאמרים מדעיים ומכונסות ב'קובץ מחקרי חברון ויהודה'. ניתן לקרוא את המאמרים במלואם באתר וכן לרכוש את חוברות הקבצים במדרשה.