מתחם מערת המכפלה היה אתר מקודש ומקום עלייה לרגל ליהודים, לנוצרים ולמוסלמים. בשנת
1266 הוציא הסולטאן הממלוכי ביברס צו האוסר על לא־מוסלמים להיכנס למבנה,ודורות רבים
לא הייתה כל אפשרות לחקר מעמיק של המבנה ושל מערכת המערות התת־קרקעית שתחתיו. מתום
מלחמת ששת הימים התאפשרה כניסת יהודים למערת המכפלה, אך גם כיום עדיין אי אפשר לערוך
מחקר מקיף בכל חלקי המתחם ובמערכת התת־קרקעית עקב רגישויות מדיניות ודתיות.
עם זאת ישראלים נכנסו כמה פעמים אל מתחת למפלס הרצפה ההרודיאנית, וזיהו במקום מערה
קרסטית טבעית ששימשה כמערת קבורה, ובה כלי מנחה באתרם, והם תוארכו למאה השמינית לפסה"נ.
כניסות אלו הניבו מידע אמפירי חשוב.
בעשור האחרון היו עוד כמה פריצות דרך בחקר מערת המכפלה: התגלתה המחצבה שממנה נחצבו האבנים לבניית המתחם
נחשפו במתחם כתובות, ובהן כתובת יהודית יחידאית בעברית מתקופת הבית השני וכתובות גרפיטי של יהודים ושל נוצרים מן התקופה הביזנטית